水的消毒水處理方法可分化學的和物理的兩種。物理消毒純水制備方法有加熱法、紫外線法、超聲波等法。化學方法有加氯法、臭氧法、重金屬離子法以及其他氧化劑法等。其中以加氯法使用為普遍，因為氯的消毒能力強，價格便宜，純水設備簡單，余氯測定方便，便于加量調節等優點而得到廣泛中水回用應用。加氯法，除使用之外，還有氯的化合物，如次氯酸鈉、次氯酸鈣、氯胺類以及近國外在自來水廠中廣為應用的二氧化氯一一這是一種比氯的氧化性能更為強烈的氧化水處理藥劑。消毒還可以用非氧化型殺生物劑，如氯酚類消毒劑和季銨鹽類化合物。近國外研制的二硫氰酸甲酷、盆酸十二烷基肌、有機溴化物等，以及國內研制成功的NL-4, SQ8, BCDMH等都是有效的消毒劑。此外，早期使用的還有銅鹽，如硫酸銅等殺生劑，這些都屬于化學方法消毒。