以脫鹽為主要目的的膜系統工藝設計中，存在著典型與非典型兩類工藝設計問題。典型工藝設計針對較為普遍的設計依據參數及較為普遍的系統結構，系統設計內容主要包括:膜元件與膜容器的品種、規格、數量及排列方式的選擇，加壓泵的品種、規格及數量的選擇，以及系統回收率參數等典型問題。膜系統非典型設計針對較為特殊的設計依據及較為特殊的系統結構，系統設計內容主要包括:濃水回流、淡水背壓、段間加壓、品種配置、規格配置、分質供水、半級系統、無級間泵兩級系統等特殊工藝及其運行參數。膜系統不同工藝間既存在形式上的差異，也存在特定功能上的重疊，在系統工藝設計時存在工藝的取舍及功能的配合問題。

  反滲透膜工藝也可以劃分為淡水與濃水兩大類工藝問題。淡水工藝問題主要涉及給水溫度、給水壓力、平均通量、滲透壓力、通量均衡、性能衰減等系統參數對產出淡水流量及系統脫鹽率的影響;濃水工藝問題主要涉及難溶鹽含量、給/濃水pH（PH儀表）值、濃差極化度等系統參數對系統回收率的影響。由于膜系統內部各工藝成并聯關系，各工藝參數間呈現出更為復雜的相互聯系。