不同運行階段，氨氮的去除效果見圖4-34。初學期，將反應器的運行按照進水氨氮濃度分為三個階段進行討論：初階段16~32d (NH₃-N=100mg/L，HRT = 6.0h,T=25℃)。該運行階段，氨氨去處率呈上升趨勢，且在第28天達到大值99%。在該運行階段，反應器受到沖擊負荷一次，但很快就恢復了對氨氮良好的去除率;反應器運行第二階段29~38d (NH₃-N= 200mg/L, HRT=6.0h, T=25℃)。該階段第29天、30天兩天由于藥品濃度不均，進水氨氨濃度突然升高至294.74mg/L和438.53mg/L,系統再次受到沖擊，氨氨去除率由90%降至第1天的60%和第2天的30%。接下來的第31天、32天，進水氨氮濃度調整為150mg/L, 氨氮去除率又上升至70.46%。隨后的時間里，進水氨氮濃度恢復到200mg/L左右，氨氮的去除率均在80%以上。上述兩次對系統的沖擊現象說明:反應器已經適應了高氨氨濃度的廢水，具有很強的硝化能力和抗沖擊負荷的能力;反應器第三階段39~74d (NH₃-N= 300mg/L, HRT=6.0h, T=25℃)。在該階段，39~60d氨氮去處率呈下降趨勢，其平均去處率為66. 77%。在61d時，氨氮去處率下降至30%，系統的硝化能力嚴重受損。一些研究表明，游離氨對硝酸菌的抑制濃度為0.1~1.0mg/L，對亞硝酸菌的抑制濃度為10~150mg/L。第三階段反應器中的游離氨濃度偏高，在第62~65天的時間中，游離氨濃度高達90~ 100mg/L,遠大于硝酸菌的抑制濃度，在亞硝酸菌的抑制濃度范圍內的上限。第66天，降低進水氨氮濃度到100mg/L,經過4d的恢復，反應器對氨氮的去除率恢復到60%。隨后，繼續調高進水氨氮，至74d時，系統對氨氮的去除率可以達到73%。而此時初學期結束。經過約30d的停滯，第二學明從107d開始重新運行該反應器。其中我們用一個月的時間進行恢復試驗(圖4-34網格陰影部分)，調低進水氨氮濃度(50~ 100mg/L)。到141d時，內循環生物流化床系統對氨氮的去除率已經恢復到90%。第二學期選擇水力停留時間5h,從142~252d，氨氮（氨氮分析儀）的進水濃度逐漸提高到200~300mg/L，內循環生物流化床對氨氮的去除率平均在80%左右。在該階段，我們分階段研究了不同運行參數對亞硝化過程的影響試驗，并實現了穩定運行。